規模が小さいものならS式でいいと思う。
でも、規模が大きくなってデータベース的なことをするならそれに特化して進化してきたシステム
(リレーショナルデータベースや key value store) を使う方が効率的。

柔軟性こそ Lisp の本領なので、
今の段階ではそんなこと気にせずとりあえず思い付いたように書いていけばいいんじゃないの。
問題があればそのときに修正できるだけの柔軟性があるのが Lisp ってもんだろ。