xamlでどこにどう定義してるのさ
取りあえずWindow.Resourcesに定義してるとしてこんな感じ

<Window ...>
  <Window.Resources>
    <ControlTemplate x:Key="xxxTemplate">
      ...
    </ControlTemplate>
  </Window.Resources>
  ...
</Window>

partial class Window1 : Window {
  void SetXxxTemplate() {
    var template = (ControlTemplate)this.Resources["xxxTemplate"];
    this.hoge.Template = template;
  }
}