皆様、色々アドバイスありがとうございます。

>>86
reserveして入れていますが、入れるときは30秒程度、clear時は10分以上かかります。
環境はWindows Vista SP2 Visual Studio 2010 SP1 です。

簡単にstring使ってましたが、そもそもstringを使うこと自体がこの規模だと厳しいのですかね?