>>644
バイナリを解析されたら終わり、という点では、いい方法ではないのだが
適切な関数f(x) を準備して
サーバーから x をもらって f(x) を返す、サーバーはそれをみて正当性チェック、というのはどうですか？

あと秘密の文字列、を通信上から割り出されるのを防ぐには、RSA/DH かな