ひとつのフォルダにたくさんのファイルやフォルダがある状態と、
ひとつのフォルダの中に分類ごとのフォルダを作ってファイルを分割するのと、どっちが整理が楽かね？

メモリ効率や処理速度は別の問題だろ。