C++でのwindowsプログラミングについて質問があります。

コマンドプロンプトで動くコンソールプログラムで
実行すると標準入力待ちになり、入力が送られると演算して標準出力に結果を返し、再び標準入力待ちになるプログラムがあるとします。
（例えば整数を受け付けて素因数分解して返すようなものです）
このプログラムを別のwindowsプログラミングのプロジェクトで利用したい場合どのようにすればいいのでしょうか？

関数としてShellExcecuteやSystemといったものがあることはわかったのですが、
理解不足からか目的にあった使い方ができるようには思えませんでした。
要点をまとめますと、コンソールプログラムの標準入出力を扱うことがc++のwindowsプログラミングでは可能なのかということです。
よろしくお願いします。