Java1.6、rootとったAndroidで、自前の関数を使ってコピーしたファイルに対し
String[] command = new String[]{"chmod","777","hoge.apk"};
Runtime.getRuntime().exec(command);
しているのですが、execが戻ってこない時があります。（5回に1回くらいの頻度）

同様にProcessBuilderも使ってみたのですが、
ProcessBuilder b = new ProcessBuilder(command);
Process proc = b.start();
startでやはり戻りがない状態になることがあります。

Webを参考に出力のバッファも読み捨てているつもりなのですが。。
他に考えられる原因があれば教えてください。