>>491の質問をした者です。

Hotで動いていたものがCoolになると404になるという挙動について、
少しだけ進展したので追記させて下さい。

resourceフォルダ内にあるconvention.diconにて、フォルダ名ではなく、
ドメインをそのまま記述すると

<components>
<component class="org.seasar.framework.convention.impl.NamingConventionImpl">
<initMethod name="addRootPackageName">
<arg>"example_test.net"</arg>
</initMethod>
</component>
<component class="org.seasar.framework.convention.impl.PersistenceConventionImpl"/>
</components>

新たに以下のエラーが発生する事が分かりました。

ComponentNotFoundRuntimeException:
[ESSR0046]Component(class ○○_○○.net.form.IndexForm) not found

winSCPにて、example_test.net.form.IndexFormにはclassファイルが存在しています。
（実際にはexample_test/net/form/IndexForm.class）