>>170
遅くなってすまん。

Tomcat用のJVMとその他用のJVMを分けたいってことかな？
Tomcatの起動パラメータでJVMを指定できるよん
http://tomcat.apache.org/tomcat-7.0-doc/windows-service-howto.html

もしくは他のコードを実行するとき用の起動スクリプト組むとかかな
Unix環境だけど起動シェル書いてライブラリのバージョンを自由に変更したりはわりとよくやります。