今時レジストリを直接いじるのもどうかと思うけど

一般的かはともかく無難にやるなら
レジストリを操作するクラスを作って基本的に自動テストはモックで行う
本当のレジストリ操作部分のテストのみ実際のレジストリを書き換える

複数プロセスが同時に同じレジストリキーにアクセスとか
読み書きの遅延がクリティカルだとか
面倒なこと考える必要がなければどうやろうと大差ない