>>345
こう考えてはどうでしょうか。

OpenGL（GLES）の頂点座標ベクトル V は「縦ベクトル」で表されていると考える。
（あくまでそう解釈するだけ。配列の書き方とか内部実装などは考えるな）

その場合、座標変換行列を M とすると、座標変換は M * V と表現される。

scaleM を Ms、rotateM を Mr、translateM を Mt とすると、

Matrix.scaleM();
Matrix.rotateM();
Matrix.translateM();

は Ms * Mr * Mt * V と表現される。

Matrix.translateM();
Matrix.rotateM();
Matrix.scaleM();

は Mt * Mr * Ms * V と表現される。

貴方が意図している変換がどういうものかは知りませんが、
このように考えると、変換を組み合わせるべき順番が分ると思います。