>Application.Run(new Form1(args));
でメッセージループが始まるだけだから。
フォームが必要なきゃ呼ばなきゃいい


if( 引数があるとき )
{
　//Application.Run();
　Form1 f = new Form1( args );
　f.NanikaMethodYobe();
　// 処理が終り次第アプリも終了
}
else
{
　Application.Run(new Form1(args));
}