たとえば某x264の場合
http://git.videolan.org/?p=x264.git;a=blob;f=Makefile;h=5e39050140ff98583ba74d95259f19912e290959;hb=5c85e0a2b7992fcaab09418e3fcefc613cffc743#l194

依存関係はコンパイラに解決させて.dependってファイルに出力し、それをincludeする
わざわざmakedependとか入れる必要すらない
autoconfなんてクロスプラットフォーム開発でもなければ無駄なだけだし、
生成されるconfigureやm4マクロのクソさを嫌って使わないのも多い