仰るとおり、PuttyはtelnetとかSSHで接続するときなんかに使うターミナルエミュレータです。
コマンドプロンプトの使用感に満足できないので、CygwinとCygTermとPuttyを組み合わせて使ってます。
UTF-8の出力を表示できたりして便利です。最近ではより手軽に使えるMinttyというのもあります。

処理系は、Clozure CL 1.8とSteel Bank Common Lisp 1.0.52では同条件で問題なかったです。
CLISPは環境依存の問題に真面目に取り組んだのが仇になった感じですね。