まぁ最近はコンパイル時間も短いからソースが数10個程度の小規模なプロジェクトなら
それでもいいだろうが、ある程度大きなプロジェクトでトライ&エラーの繰り返しで開発して
いくような人にはコンパイル時間の差も馬鹿にはならないだろ。
ためしに、プロジェクト名-Prerfix.pch を編集してコンパイルしてみ？　全ソース
のコンパイルが始まるから。この時間が苦にならないようなら、好きにすれば
いいんじゃね？