重たい処理をしてる最中の描画がうまく働かず、GUIの一部がうまくアップデートされない状態に時々ならないですか？
その箇所をアップデートするようなイベント(クリックとか、マウスオーバーとか)で元に戻るんですが、
放置しておくと永遠に見えないままです。

定期的(1000ms間隔ぐらい?) な MainWindow のリフレッシュとかが必要なんですかね。。。
Macだとこの問題は発生しないのですが、Windowsだと起きます。