まず始めにテンプレートエンジンとか設定ファイルありきではなくて、
Javaでプログラミングするスタイルを土台に作ったうえで
様々なテンプレートや設定ファイルからスケルトンコードを
出力するツールを作ったらいんじゃないだろか
（.java生成でもいいし、鯖へデプロイ時にjavassistで動的生成でもいい）

フレームワークの上にさらにフレームワークやライブラリを乗せることを
前提にしたつくりって風呂敷が大きすぎるかもしれんがな