ファイルとフォルダ一覧を取得するときにこのように書いてます
String path = "C:\\";
File dir = new File(path);
File[] files = dir.listFiles();
for (File file : files) {
if (!file.isHidden()) {
System.out.println(file);
}
}

ファイルやフォルダの数が多い場合も考えてなるべくforの中でifで隠し属性か判定して出力させる方法を改善したいのですが
File dir = new File(path);
File[] files = dir.listFiles();
の辺りで隠し属性を省いて取得できませんか？