> 既存のプロトコル（HTTPS とかね）に似せれば第三者からの判別は困難だ。

簡単だよ。Winnyネットワークに参加すれば
それだけでノード一覧が手に入る。

> 直接接続することによって判明するのは、そのノードの保持しているキャッシュ情報だけだ。
> ダウンロード情報は直接にはわからない。

いや、知りたいのは送信可能になっているデータのリストだからｗ
ダウンロード情報なんて欲しいとは思ってない。