IL見れば簡単にパクれるって言うなら
普通のPEファイルだってマクロアッセンブリの
ソースに変換しちゃえば同じことじゃないの？
要するにパラメータ変えたりライセンスチェック
スキップさせる必要がないならそのままコピって
署名だけ差し替えればいいんでしょ？

完全に防ぐのは普通のバイナリでも無理だけど、
少なくともILみて解析するのは、ソースみて解析するより
よっぽど手間じゃないのかな