インデント直してみた
っていうか else if のインデントのポリシーが一貫性がなくめちゃくちゃで読みにくい

#include <stdio.h>
int main(void)
{
  int a, b, i;
  printf("素数であるかどうかを判定します。2以上の自然数を入力してください。\n");
  scanf("%d\n", &a);
  if(a<2){ //2未満の値を入力
    printf("2以上の自然数を入力してください。\n");
  }else if(a>=2){ //2以上の値を入力
    for(i=2; i<a+2; i++){ //a=i+1となるまでiを増やし続ける。
      b = a%i; //余りの計算
      if(b == 0){ //余りが0ならば以下を表示する。
        printf("素数でありません。\n");
      }
      else if(a == i){ //a=iとなったら
        printf("素数です。\n");
        break;
      }
    }
  }
  return 0;
}