文章だけだと伝わりづらいかもしれないので、例と補足。

A　B
　□　　　　A,B,C,D の４頂点がある四角形を描画しようとして、　　　
C　D

単純に頂点配列で A,D,C,A,B,C と６つ並べた配列に対して、
例えば　attribute を、値[0],値[1],値[2],値[3],値[4],値[5] のような配列で渡せば、
B の頂点が VertexShader に来る時、そこでは 値[4] の値が参照出来る、のはわかるのですが、
これを、
.　　　　　　　0, 1, 2, 3
頂点データ： A,B,C,D ／ 頂点インデクス： 0,3,2,0,1,3 と並べて、
attribute に、値[0],値[1],値[2],値[3],（ 値[4],値[5] ） のような配列で渡した時、
VertexShader で参照出来る attribute の順番は、「頂点順」　か、または　「インデクス順」 なのか、と言う話です。