アプリケーションの機能の一部を
本体に組み込んだ言語のスクリプトで実装していて機能的に本体と不可分の場合
スクリプトファイルってどこに置く?

Windowsなら本体と同じ場所でいいかなと思うけど
Linuxの場合はlibにアプリケーションのディレクトリ作って入れる?
そもそも本体バイナリに埋め込む?