773の問題を自己解決したんでメモ書きしておく。
ある名前空間で、グローバル名前空間にある自作クラスを使う場合は「::」を省略しちゃダメなんだな。
stringがグローバル名前空間に定義されてるとして、

lpEngine->SetDefaultNamespace("Test");
lpEngine->RegisterGlobalFunction("void Print(::string &in)", asFUNCTION(PrintString), asCALL_CDECL);
lpEngine->SetDefaultNamespace("");

こんな感じでいけた。

問題は、このネタが役に立つ人があんまり居ない気がする事だ。