＞map関数を使いたいのですが、
＞#include <map>は「stdafx.h」に書けばいいですか？

関数じゃなくてクラステンプレートだよね？
使うとこでインクルードしてもいいけど、よく使いそうだし stdafx.h でいいと思われ

＞「Debug::WriteLine」を使いたいので「using namespace System::Diagnostics;」と
＞書きたいのですが、
＞「stdafx.h」に書けばいいですか？

C++では通常ヘッダファイルでusingはおすすめ出来ないが
C++/CLIの流儀だとどうなのかねえ・・・
俺はC++の通常の流儀に従って関数内でusingしてるけど
C++/CLIスレで聞いた方がいいと思う