質問させてください！

先日、開発環境のPCを変更しました。
そこで、Eclipseの既存プロジェクトフォルダを新PCに移し、
「外部ソースからプロジェクトを作成」で丸々移動させたのですが、
このまま実機デバッグをしようとすると元PCでデバッグしていた際の
ファイルがあるため、一旦今ある奴を削除してくれメッセージが出ます。
当然削除すれば新PCでのアプリは動作するのですが…

こういった、開発環境が変わった場合というのは、
すでにマーケットに登録してあるAPKを新PCで作成したものと入れ替えても
ちゃんとアップデート出来るのでしょうか？

別アプリ扱いになっているような気がして怖くて質問させてもらいました。