.x形式まともに使ったことないからはっきりは言えないけど
アニメーションキーが存在していてそれを使って再生しているのであれば
普通は非アニメーション状態の変換行列は無視される。
（じゃないと取り回しが色々と不便になるから）
なのでアニメーションキーを変換する必要はあるだろうね。
その場合、おそらくメッシュの法線も反転するけど。