>JavaEEはWebの大規模開発に必要な機能の仕様を一式まとめただけで、
>実際に実装されるコンポーネントやらなんやらは「APサーバ製品」が各自で提供する。

そう。
JavaSEだってそう。Oracleが公開してるものがデファクトになってるけど。

>JavaEEの仕様通り作って、なんかあったらAPサーバのサポートでなんとかしてもらえる。

ホントに仕様通り作れる？
あの膨大な英文ドキュメント目通した？
それに、JavaEE仕様だけでなく、その前提も知ってないと。
たとえば、Deployment DescirptorファイルはXML形式だからXML仕様知ってないと。
まぁ、仕様通りにできてなければ、何がダメだったか回答してくれるとは思うけど。

>だから企業とかで色々キビシイ状態？でシステムを作る場合は、JavaEEに準拠してれば安全だね。って仕組み？

JavaEEに準拠して作れば、どこのAPサーバでも動くモノになるね。って仕組み。
色々キビシイ状態？でも動く、ってところはAPサーバのウデの見せ所。