>>6
一時ファイル使っていいなら、
ファイルAをソートした整列済みファイルA（一時ファイル）を生成、
ファイルBをソートした整列済みファイルB（一時ファイル）を生成、
整列済みファイル同士を先頭から比較。
ファイルが大きすぎて一度に整列済みファイルにできない場合は
複数に分割してソートして、その後マージする。

宿題とかでないのなら素直にヒープ増量した方がいいと思う。