ファイル内容の比較について質問です。

1KB未満〜100MB程度の二つのテキストファイル内容を比較したいのですが、VMパラメータが-Xmx128mとケチなため、
ファイルの内容をbyte[]で全て取り込んでからStringにしてequals()で比較することはできません。
両ファイルを一行ずつ読んで順次比較していけばいいのですが、変な条件がありまして、
例えば改行区切りでファイルAには「abc」「def」「ghi」、ファイルBには「def」「ghi」「abc」とある場合、
これは一致していると判定させたいのです。
なお、一時ファイルなどの使用は可能なのですが、実現方法はありますでしょうか？

もともとは両ファイル内容をそれぞれVectorに入れて、
ファイルAのVectorのforeachループ内でファイルAの要素でファイルBのVectorからremoveしていき、
removeできなかったら差異あり、できたらファイルAのVectorからもremoveし、
最後にどちらか片方のVectorに余りがあれば差異あり、などとしていましたが、
ファイルサイズが大きいとOutOfMemoryErrorが出るため、別の方法を検討しています。