>>415
>それとループして困るのはディレクトリだけだろ？ディレクトリに限定してチェックして
まさにそれを実験してみてますｗ
ただ、それでもクソ重いです。フォルダの数も結構多いもんですね。

java.nio.file.Files#isSameFile もちょっと挙動が重めっぽいかな？

>>409
これもたしかに簡易な方法としていいかも。
自己ループ C:\HDD\C\HDD\C というように Cドライブ内だけでループしているのでなければ行けるかも。

>>416
それでもできそうですね。ちとファイルが数千〜数万個増えそうですけれどｗ

>>412
ドライブを別ドライブのフォルダにするのって、どれにあたるんですかね？
ジャンクション？　vista以降のシンボリックリンク？どちらにしても isSymbolicLink()じゃだめっぽいんですが・・・

やっぱJNA で FSCTL_GET_OBJECT_ID を取りに行くのが正攻法なのかなぁ・・・？