108ですが解決しました。おおざっぱにですが、まずはウィンドウ側。
BOOL CMyFrameWnd::OpenAndHide(CWnd* pwndParent, BOOL* pbIsDestroyed)
{
　　// LoadFrameの引数の親ウィンドウへのポインタにはpwndParentを渡さずNULLにしておく
　　if( (pwndParent == NULL) || (LoadFrame(〜) == FALSE) || AddDocTemplate(〜) == FALSE) ) return FALSE;
　　// pwndParentを消す
　　pwndParent->ShowWindow(SW_HIDE);
　　LONG lExStyleOfParent = m_lExStyleOfParent = ::GetWindowLong(pwndParent->m_hWnd, GWL_EXSTYLE);
　　lExStyleOfParent &= (~WS_EX_APPWINDOW);
　　lExStyleOfParent |= WS_EX_TOOLWINDOW;
　　::SetWindowLong(pwndParent->m_hWnd, GWL_EXSTYLE, lExStyleOfParent);
　　::SetWindowPos(pwndParent->m_hWnd, NULL, 0, 0, 0, 0, SWP_NOMOVE | SWP_NOSIZE | SWP_NOZORDER | SWP_FRAMECHANGED);
　　::SetWindowRgn(pwndParent->m_hWnd, CreateRectRgn(0, 0, 0, 0), TRUE);
　　// ポインタをメンバ変数に記録
　　m_pwndParent = pwndParent;
　　if(pbIsDestroyed != NULL){
　　　　m_pbIsDestroyed = pbIsDestroyed;
　　　　(*m_pbIsDestroyed) = FALSE;
　　}
　　ShowWindow(SW_SHOW);
　　return TRUE;
}
void CMyFrameWnd::OnDestroy()
{
　　if(m_pbIsDestroyed != NULL) (*m_pbIsDestroyed) = TRUE;
　　else{
　　　　::SetWindowLong(m_pwndParent->m_hWnd, GWL_EXSTYLE, m_lExStyleOfParent);
　　　　::SetWindowPos(m_pwndParent->m_hWnd, NULL, 0, 0, 0, 0, SWP_NOMOVE | SWP_NOSIZE | SWP_NOZORDER | SWP_FRAMECHANGED);
　　　　::SetWindowRgn(m_pwndParent->m_hWnd, NULL, TRUE);
　　}
　　CWnd::OnDestroy();
}