自分もそこが謎なんだけど、壊れるものは壊れてるんですよ・・・
ただ、書き込み中でもないと言われると微妙かな。

・A.cppの内容を変更
→保存ボタンを押さずに「デバッグ開始」
→ビルド終了後、アプリケーションが起動・・・したと思ったらその状態で固まる。
→Ctrl+Alt+Delでも反応なし
→電源ボタン長押しで強制終了。
→再起動、しかしA.ccpファイルが破損。

どのタイミングでファイルAを保存してるのかはわかりませんが・・・