ReadFileとfreadの速度を比べた結果を報告します。

処理内容 ： 2Byte×約9000点の読み出しと、各要素をエンディアン反転
計測区間 ： メッセージループの隙間を使って繰り返し処理したときの周期

・freadで一個ずつ ： 1.25ms
・freadでまとめて ： 0.37ms
・ReadFileで一個ずつ ： 8.50ms
・ReadFileでまとめて ： 0.38ms

一個（2Byte）ずつ読む場合は、freadのほうが遥かに速かったです。
まとめて読むぶんにはあまり差はありませんでした。
1ファイルが大容量で、freadで読みきれないことがあるので、ReadFileでいきます。

ありがとうございましたm(_ _)m