MonadPlus クラスの mzero 関数と mplus 関数
Monoid クラスの mempty 関数と mappend 関数

これらって、意味的に何か違いはあるんですか？

たとえば、ある型が既に Monad クラスのインスタンスであって、
なおかつ identity と associativity の両性質を持っていた場合、
その型は Monoid クラスのインスタンスにも、
MonadPlus クラスのインスタンスにも成れますよね

どちらのクラスのインスタンスにするか、
あるいは両方のインスタンスにするか、
判断する基準みたいなものは一般的に何かあるのですか？

単に好きな関数名が有る方を選んどけ、という程度でしょうか