ビットマップって3種類意味があって

Bitmapクラス（System.Drawing.Bitmap）
Bitmapデータ（System.Drawing.Bitmapが内部で持ってるDevice Independent Bitmapデータ）
Bitmapファイル（*.bmpのファイル）

全部違う
どれがどれだ

・アルファ値がついたビットマップ画像の読み込み
http://www.ipentec.com/document/document.aspx?page=csharp-32bit-argb-bitmap-load

アルファ値がついたビットマップって仕様にはない(32bitの場合ピクセルの上位1ビットは0固定になっている)ので
無視されても本来は仕方ない
対応謳ってるソフトが仕様を無視してアルファ書き込んでるだけ

一応データとしては読み込まれているので、上記URLのようにBitmapData.Scan0からコピーすることはできる
素直にpng使うべきだがね