Javaコードの方はAPK managerとか使えばsmaliでおおまかに読めるし
改造して署名しなおすのも出来てしまう

http://www5d.biglobe.ne.jp/~noocyte/Programming/Decompile.html
によるとC++の難読化はCよりは有効らしいので
JNIつかってC++コードを埋め込む方がよい