ハードウェア割り込みは正確さが保障されてますよ。
だってリアルタイムOSを動かさないといけないんだから。

ハードウェア割り込みは使える個数が決まっていたり、
割り込み使う場合は何ミリ秒以内に制御を戻さないといけないとか決められているでしょ。

でもその正確さがどの程度の精度なのかというと、それは水晶時計以上にはならないですが。


いい情報みっけた。
ttp://www.mnc.co.jp/INtime/user/intimedev.php?%A5%EA%A5%A2%A5%EB%A5%BF%A5%A4%A5%E0%C0%AD%C7%BD%A4%CE%A4%BF%A4%E1%A4%CE%A5%C1%A5%E5%A1%BC%A5%CB%A5%F3%A5%B0

ハードウェア割り込み信号発生から、INtimeアプリケーションの割り込みハンドラが開始されるまでの所要時間を測定した結果を掲載します。
ttp://www.mnc.co.jp/INtime/user/intimedev.php?latency
Core2Duo 2.1GHz
　・最小0.83μ秒
　・平均1.25μ秒
　・最大遅延は1.66μ秒

Pentium4 3.0GHz
　・最小3.9μ秒
　・平均4.7μ秒
　・最大遅延8.3μ秒

周波数が高ければいいってもんじゃないわけですね。
とくにPen4はマイクロコード変換オーバーヘッドがあるから遅れるしばらつきも出る。
いや、シングルコアだからカーネルが動いてるのかな？
ここまでくるとプログラムの命令数やらガベージコレクションやらの時間まで考慮しないといけないね。