@lines1にはメインデータ@lines2にはそれの追加データが格納されていて
@lines1と@lines2は上からの行番号で対応できるようになっています。
そこで@lines1の条件にあった@lines2を取り出すには
このようにするしか方法はないんでしょうか？

$lineno = 0;
foreach(@lines){

　　　@data = split(/<>/,$_);

　　　if($data[1]>100){
　　　　　　　push($cyuusyutu_lines1,$_);
　　　　　　　push($cyuusyutu_lines2,$lines2[$lineno]);
　　　}

　　　$lineno++;
　　　
}