そうか s オプションは関係なかったか。適当なことを書いてすまんかった。
「改行も無効になって」しまう、の意味がいまひとつわからんかったのだが
単に処理対象テキストの改行コードが "\r\n" ではなく "\r" または "\n" だから、
ってだけの気もするよ。

しかしそもそもCGIの質問はスレ違いだったか。