Program.csの中をみれば下記のようなコードがあると思うんだけど

Form1 frm = new Form1();
Application.Run(frm);

プログラムを実行するとWinFormアプリの場合は
Program.csが実行されてその中でForm1のインスタンスを作って
Application.RunでForm1を呼び出してる

その後Form1のコンストラクタが呼ばれてForm1のIDEがいじる部分を分離した
Form1.Designer.cs中のコードが呼ばれてIDE上で貼り付けた部品とかの
初期化が行われると

その後はLoadイベントとかを登録しておけば呼び出されて自分の書いたコードなど
へと処理が続くと

ちなみにForm2ってプロジェクトに追加しただけだとProgram.csは一つしかないよね？