sqlite.jarとsqlite_jni.dllをネットのどっかから見つけてきて下を参考にすればできるよ
javasqlite-20100727-win32.zipとか

import java.sql.*;
import SQLite.*;
public class SQLiteHello {
public static void main(String[] args){
try {
Class.forName("SQLite.JDBCDriver");
Connection c = DriverManager.getConnection("jdbc:sqlite:/c:/sqlite/testdatabase");
//これを入れない場合は、コミットしなくてもコネクションを切れば自動でコミットされる
c.setAutoCommit(false);
Statement st = c.createStatement();
//INSERTなどのクエリを実行する場合は、こんなふうに。
//int rc = st.executeUpdate( "insert into testtable values(2,’Hello’,'World’)" );
ResultSet rs = st.executeQuery( "select col1, col2, col3 from testtable" );
while ( rs.next() ) {
int i = rs.getInt(1);
String s1 = rs.getString(2);
String s2 = rs.getString(3);
System.out.println( i + " :" + s1 + s2 );
}
rs.close();
st.close();
c.commit();
c.close();
}catch(java.lang.Exception e){
e.printStackTrace();
System.exit(0);
}}}