すいません、ここまで調べられました
apache antでコンパイルできるそうでした
C:\test\に修正したquercus-4.0.11-src.jarとinject-16.jarとjavamail-141.jarを入れます
（inject-16.jarとjavamail-141.jarはバイナリ版のほうに入っていますのでそこから取ります）
コマンドプロンプトからC:\test\にカレントディレクトリを移動させて、antコマンドを実行しました。
そうしたら以下のようなメッセージがでました。
Unable to locate tools.jar. Expected to find it in C:\Program Files\Java\jre6\lib\tools.jar
Buildfile: build.xml does not exist!
Build failed


C:\Program Files\Java\jre6\lib\tools.jarがそもそも存在しません。
C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_23\lib\tools.jarはあります。
なのでjdk1.6.0_23のほうからjre6にtools.jarを入れて再度antコマンドを実行したら
Buildfile: build.xml does not exist!
Build failed
と1つエラーが減りました。

build.xmlをtestフォルダに作成したのですが、これにどのような記述をしたらよいのかわかりません。
お力添えをお願いいたします