Web prog板の質問スレに書き込んでしまいました。
マルチになってますが、よりふさわしそうなこちらで質問させてください。
http://upload.restspace.jp/src/upload1724.zip.html
にファイルをまとめてあります。
サンプルとなるようなプログラムを改良してみたtest.plですが、期待通りに動きません。
どこが悪いのか、ご指摘いただければありがたいです。

やりたいこと
deseq_result.txtのtagというカラム
annotated_all_tags.txtのtagというカラム
を比較します。
deseq_result.txtのtagの要素がannotated_all_tags.txtのtagと一致すれば
deseq_result.txtのカラムの最後にannotated_all_tags.txtのtag以外の要素を加えます。

カラム名でいえば、
tag baseMean baseMeanA baseMeanB foldChange log2FoldChange
pval padj resVarA resVarB origin description variant
と並べてresult.txtに出力したいのです。

既にこの時点でつまずいていますが、
もし、deseq_result.txtのtagの要素がannotated_all_tags.txtのtagと一致しない場合は
そのままdeseq_result.txtのすべての要素をresult.txtに出力したいです。
どうぞよろしくお願いします。