entity manager ファクトリは標準的には、アプリケーション初期化時点に作成されて、
アプリケーションの終了時に閉じられます。その作成は経費のかかるプロセスです。
Hibernate に慣れ親しんでいるユーザーには、entity manager ファクトリはとても
セッションファクトリに似ていることが分かるでしょう。実際、entity manager ファクトリは
セッションファクトリの上にあるラッパーなのです。
entityManagerFactory への呼び出しは スレッドセーフです。

ファクトリは使い回せってことですね。
ファクトリ≒DataSource、エンティティマネージャ≒Connectionなんだろ、内部的には。