今までスキンメッシュの頂点ブレンデリング後にやっていたらおかしかったのですが、それを飛ばして入力POSITIONセマンティクスを直接投影変換するとマトモに動きました。
ボーンによる頂点ブレンデリングは投影変換後にやるものなのですか?