うーん、この辺を読んでると
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ee422553(VS.85).aspx

複数のデバイスをフルスクリーンモードで同時に使うには、アダプターごとにデバイスを
作った上、それらがフォーカスウインドウを共有しなければならんとあります。
実際それで、マルチな独立デバイス的コードを書いて動画出力出来ました。(ヘッド間
で全然同期出来ませんけど...orz)

でも、そうなると、この辺の記述
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc323931.aspx

にある、hDeviceWindowの説明とかみ合わなくてよくわかりません。実際
シングルのマルチヘッドデバイスで2画面のフルスクリーンモードを実現する
コードでは、主アダプタと従属アダプタにそれぞれ違うウィンドウをクリエイト
しないとうまくいきませんでした。

このあたりの不整合性が「マルチなマルチデバイス」がうまくいかない原因なのかな?
どなたかうまくいく方法ご存じないでしょうか。
DirectX9じゃそれは不可能だよ、という合理的な説明でもありがたいです。