セオリー通り、シェーダー描画のステップを踏んでます。
.fx内でテクスチャの色を変えたりすると描画も変わるので、テクスチャはエフェクトファイル内を通っていると思います。

あと、これからもDx9をサポートするGPUは固定機能も使えますか？