的外れな質問してるかもしれませんが、スキンメッシュのシェーダーで
デバイス->SetTexture();
だとテクスチャが貼られますが、
エフェクト->SetTexture();
だと上手く貼られません。
デバイス->SetTexture();は固定機能パイプラインではないのですか？