PyScripterは昔ちょこっとだけ触ったことあるだけだから
もしかしたら俺が知らんだけでトンチンカンな回答かもしれないが。

PyScripterは単一のファイルを扱ってる分にはいいんだけど
プロジェクト管理に難があって（独特）、ファイルを分割してモジュール化して
サブディレクトリつくって……とかやろうとしっちゃかめっちゃかになって
エラい使いにくかった記憶がある。

そのへんEclipseは流石というか、プロジェクト管理は高機能だと思う。
サブディレクトリ作ると、自動的に「__init__.py」を作ってくれたりなｗ
（細かい気遣いだけど）
あと理ファクタリングも、javaにはかなわないけど、それなりに動く。

まあファイルいっぱい作るんならEclipseのほうがいいんじゃねえの。
簡単な書き捨てスクリプトならエディタでもなんでもいいと思うけど。